O curso de Medicina da FAEV/UNESC apresenta uma proposta pedagógica diferenciada, buscando atender as demandas da saúde pública, alinhado à Lei nº 12871, de 22 de outubro de 2013, que instituiu o Programa Mais Médico que tem como finalidade, formar recursos humanos na área da saúde para o Sistema Único de Saúde – SUS e às Diretrizes Curriculares do Curso de Medicina – DCN (Resolução CNE/CES nº 3/2014).
Para atender ao disposto nas diretrizes curriculares, o curso se organiza em  três áreas de competência: atenção à saúde; gestão em saúde e educação na saúde. Para cada uma dessas áreas, a necessidade de combinação e de avaliação de capacidades cognitivas, psicomotoras e atitudinais também foi explicitada nas diretrizes.
O diferencial:
O curso adota as metodologias ativas de ensino e aprendizagem e a avaliação por competências, em uma proposta pedagógica arrojada articulando ciência, cenários simulados e cenários reais, tendo além de moderna infraestrutura física na IES que conta espaços para atividades em pequenos grupos e laboratórios para a aprendizagem autodirigida e simulação da prática profissional, os serviços de saúde do município como espaço de formação desde o primeiro ano do curso.
Sobre a metodologia
As metodologias ativas de ensino-aprendizagem são um conjunto de estratégias educacionais que resultam numa trajetória de ensino-aprendizagem cujos papéis de estudantes e docentes são ativos. A combinação de distintas estratégias leva em conta as diversas formas pelas quais as pessoas aprendem, sendo organizadas de modo a potencializarem e ampliarem esse processo, com foco na interação entre educandos, objetos e a mediação dos educadores.
No curso de Medicina, as ações educacionais são desenvolvidas sob orientação dos docentes, no papel de facilitadores de aprendizagem e preceptores. Esses, por sua vez, são apoiados pelos especialistas e coordenadores. As ações educacionais, e respectivos métodos, podem ser desenvolvidos de modo exclusivamente presencial ou, também, a distância, conforme a ação. Fazem parte dessas ações o(a): I) processamento de situações-problema; II) processamento de narrativas da prática; III) aprendizagem baseada em equipe ou Team-based Learning – TBL; IV) socialização de novos conhecimentos em plenária; V) oficina de trabalho; VI) viagem reflexiva; VII) portfólio; VIII)  aprendizagem autodirigida; IX) iniciação científica; X) programas de extensão; XI) casos clínicos.
Corpo Docente
O corpo docente do curso é formado por médicos e outros profissionais da saúde, além dos preceptores da rede de saúde local. Dos profissionais que atuarão na Instituição, são 40% doutores e 60% mestres.